後深草天皇（1243〜1304）の願いにより円空立信が開山しました。天皇が崩御の後、境内にある法華堂に納骨されました。これが「深草北陵」（十二帝陵）の始まりです。裏山の墓地に、日本最初の人体解剖を行い、その成果を「蔵志」として著した山脇東洋（1705〜62）とその一族の墓があります。