臨済宗東福寺派の大本山、嘉禎元年（1235）九条道家が創建、建長七年（1255）に落成しました。奈良の東大寺、興福寺の一字づつをとって東福寺と名づけ、開山には、後に「聖一国師」と言われた円爾（えんに）が迎えられました。

三門（国宝）は、応永年間（1394〜1428）に再建されたといわれており、禅宗寺院としては最古のものです。